
Schon bald nach Antritt seiner Regentschaft beginnt Joseph Clemens mit dem Ausbau der Residenz, der Grundstein für die spätere Stadtentwicklung im Barock ist gelegt.
1701 wechselt er jedoch überraschend auf die Seite der Franzosen. Die Stadt wird wiederum belagert, Joseph Clemens flieht ins Exil an den französischen Hof. Dreizehn Jahre, bis 1715, sollte das Exil des Kurfürsten andauern.
Seine Pläne zum Ausbau Bonns wurde aber in der Zeit am Pariser Hof durch den Kontakt zu dem Hofarchitekten Robert de Cotte noch beflügelt. So werden nach seiner Rückkehr die Arbeiten am Schloss zügig fortgeführt. An der Stelle der alten Wasserburg Poppelsdorf entsteht das Lustschloss "Clemensruhe", dass durch einen Wassergraben mit der Residenz verbunden werden soll. 1723 stirbt Joseph Clemens, ohne seine geplanten Bauten verwirklicht zu sehen. Mit seinen Vorhaben legte er jedoch den Grundstein für ein friedliches und prunkvolles Jahrhundert Bonns, das unter seinem Nachfolger Clemens August zu seiner größten Prachtentfaltung gelangen sollte.